Las especies endémicas de singular importancia que habitan las islas incluyen:

Reptiles endémicos

• Tortugas Galápagos (pertenecientes al género Chelonoidis), 14 especies de tortugas de las cuales tres se extinguieron en el siglo XIX y una se extinguió el 24 de junio del 2012, siendo su último ejemplar El Solitario George. Aún existen diez especies de tortugas gigantes (Galápago o tortuga de las Galápagos).
• Iguanas terrestres (Conolophus), 3 especies de iguanas entre las que se encuentran la Conolophus subcristatus, la Conolophus pallidus y la Conolophus marthae.
• Iguana marina (Amblyrhynchus cristatus), la única especie de iguana que procura su alimento en el mar.
• Lagartos de Lava (Microlophus albemarlensis) lagartos de pequeño tamaño, existen seis especies distintas, algunos de estos lagartos solo ocupan islas concretas.

Mamíferos endémicos

• León marino de las Galápagos o lobo marino de Galápagos (Zalophus wollebaeki), emparentado con el león marino de California (también se describe como Zalophus californianus wollebaeki, una subespecie del león marino de California).
• Lobo peletero de las Galápagos o lobo fino de Galápagos (Arctocephalus galapagoensis), que es el más pequeño del mundo (Salazar 2002).

Aves endémicas

• Pingüino de las Galápagos o pájaro bobo de Galápagos (Spheniscus mendiculus), la única especie de pingüino que se ha registrado en el hemisferio norte, en la porción norte de la isla Isabela.
• Pinzones de Darwin, 13 especies endémicas de pinzones, de los cuales el más conocido, es una especie de pájaro vampiro que se nutre de la sangre de aves enfermas, el cual habita en la isla más al norte del archipiélago, Wolf.
• Sinsontes de las Galápagos (Nesomimus), 4 especies endémicas de sinsontes, de la que destaca el Sinsonte de Galápagos (Nesomimus parvulus) que está presente en casi todas las islas del archipiélago y que además es la única especie no amenazada.
• Cormorán no volador o cormorán de las Galápagos (Phalacrocorax harrisi).
• Garza plomiza o garza enana de las Galápagos (Butorides sundevalli).
• Papamoscas o copetón de las Galápagos (Myiarchus magnirostris).
• Cernícalo o gavilán de las Galápagos (Buteo galapagoensis).
• Zenaida o tórtola de las Galápagos (Zenaida galapagoensis).
• Polluela o burrito de las Galápagos (Laterallus spilonotus).
• Gaviota morena o gaviota de lava (Larus fuliginosus).
• Golondrina de las Galápagos (Progne modesta).
• Albatros ondulado o albatros de las Galápagos (Phoebastria irrorata).
• Fardela gris parda o petrel de las Galápagos (Pterodroma phaeopygia).
• Gaviota tijereta o gaviota de las Galápagos (Creagrus furcatus).
• Pardela de las Galápagos (Puffinus subalaris).
• Búho campestre de las Galápagos (Asio flammeus galapagoensis)
• Ostrero americano de las Galápagos (Haematopus palliatus galapagoensis).
• Pelícano pardo de las Galápagos (Pelecanus occidentalis urinator).